Галактический экспресс 999

Старшеклассник Шиничи Кудо обладает высоким интеллектом и помогает полиции в расследовании сложных дел. После свидания он становится свидетелем незаконной сделки членов преступной организации. Преступники замечают Шиничи, захватывают его и заставляют принять экспериментальный препарат. В результате действия этого вещества тело подростка уменьшается до размеров семилетнего ребенка.

Чтобы скрыться от преследования, Шиничи принимает личность первоклассника Конана Эдогавы и селится в доме своей подруги детства Ран Мори. Ее отец, Когоро Мори, владеет небольшим детективным агентством. Используя свои аналитические способности и знания, Шиничи начинает тайно помогать в расследованиях, направляя выводы Когоро. Параллельно он ищет информацию о преступной организации и способ вернуть себе прежнее тело.